شكّل نظام LMD منذ إقراره في العام 2004 مادة جدل بسبب الثغرات التي رافقت تطبيقه وفقدان البيئة المناسبة له، إضافة الى عدم إمتلاك ثقافة هذا النظام الجديد الذي يفترض التعمق به لفهمه والعمل ضمن روحيته.
ويشير منسق اللجنة العليا لتطوير المناهج والبرامج في الجامعة اللبنانية الدكتور حسين بدران الى ان 12 من أصل 16 كلية أصبحت في مرحلة تطبيق النظام الجديد، هي الإعلام والتوثيق، العلوم الإقتصادية وإدارة الأعمال، السياحة والفنادق، العلوم، الآداب معهد الفنون، المعهد الجامعي للتكنولوجيا، التربية، الزراعة، الحقوق، الصحة، الصيدلة، فيما يجري تجهيز معهد العلوم الإجتماعية نفسه للتطبيق قريبا.
ويضيف بدران، أن الكليات الثلاث المتبقية أي الهندسة والطب وطب الأسنان، فهي متأخرة في تجهيز نفسها نظراً لوضعها الأكاديمي الخاص، وطبيعتها التي لا تتطابق مع نظام الأرصدة والتدريس الفصلي، مشيراً إلى ان كليتي العلوم والإعلام هما الأولان في تطبيق النظام الجديد منذ 6 سنوات، ومعترفاً بأن هناك عثرات أو تحديات تواجه عملية التطبيق أولها هو أن هذا النظام يجب أن يواكبه تطوير دائم للمناهج وتحديث للمختبرات والوسائل التقنية كالاستوديوهات مثلا في كلية الإعلام ومكننة المكتبات، وثانيها ان الحرم الجامعي ليس موحداً. وأوضح بدران قائلا": إذا أراد الطلاب أن يختار مواد اختيارية من كلية الآداب أو العلوم الإجتماعية مثلاً، فعليه ان يتكبد المسافات الفاصلة بين مراكز الكليات، كما أن بعض المتخرجين/ات يعانون نتيجة النظام الجديد بعض المشاكل مع مجلس الخدمة المدنية، وبعض الدوائر التوظيفية تتعلق بكيفية إحتساب إجازةالـ LMDعلى أساس 3 أو 4 سنوات. (النهار 20آب2011)